قسم الباطنة التعليمي وفروعها تأسس في العام الجامعي 2003-2004 بأعضاء هيئة التدريس القارين بالكلية والعاملين بالمستشفى وقد تناوب على رئاسته نخبة من الاساتذة الافاضل ولقد كان من الاقسام المتميزة بشهادة الاساتذة الزوار من الكليات المناظرة بالجامعات الليبية ويسعى القسم من خلال الاساتذة والمعيدين الى التميز والحصول على الاعتماد المؤسسي.